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Metodi di Biologia Computazionale

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Methods in Computational Biology

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Anno accademico 2016/2017

Codice dell'attività didattica
BIO0054
Docenti
Prof. Paolo PROVERO (Titolare del corso)
Luigi BERTOLOTTI (Titolare del corso)
Prof. Mario GIACOBINI (Titolare del corso)
Corso di studi
Laurea Triennale in Biotecnologie
Anno
3° anno
Periodo didattico
Secondo semestre
Tipologia
A scelta dello studente
Crediti/Valenza
6
SSD dell'attività didattica
BIO/11 - biologia molecolare
INF/01 - informatica
VET/05 - malattie infettive degli animali domestici
Modalità di erogazione
Tradizionale
Lingua di insegnamento
Italiano
Modalità di frequenza
Facoltativa
Tipologia d'esame
Orale
Prerequisiti
Conoscenze di genetica e di biologia molecolare, in particolare dei meccanismi di regolazione genica.
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Sommario insegnamento

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Obiettivi formativi

Il corso si propone di presentare agli studenti una panoramica sugli approcci che sono stati sviluppati nei campi della vita artificiale e dei sistemi complessi. In particolare, il filo conduttore del corso sarà lo studio della network science (reti e alberi) nella modellizzazione di fenomeni biologici, con particolare attenzione alle dinamiche molecolari evolutive e di regolazione genica, al fine di fornire agli studenti una panoramica dei concetti di filogenesi ed evoluzione degli organismi e degli approcci computazionali adatti agli studi di epidemiologia molecolare e della regolazione genica.

 

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Risultati dell'apprendimento attesi

Gli studenti acquisiranno la capacità di leggere criticamente lavori scientifici sulla modellizzazione mediante approcci computazionali di fenomeni biologici, che descrivono e analizzano risultati sperimentali high-throughput relativi alla regolazione ed espressione genica, oltre che inferenze di tipo evolutivo nel campo dell’epidemiologia molecolare 

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Modalità di insegnamento

Gli argomenti del corso verranno affrontati attraverso presentazioni dei docenti e la lettura critica di pubblicazioni scientifiche recenti.

 

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Modalità di verifica dell'apprendimento

Colloquio orale che consiste nella presentazione di due articoli della letteratura primaria scelti dallo studente e relativi a due diverse parti del corso.

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Attività di supporto

 

 

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Programma

Vita Artificiale e Sistemi Complessi

  • Scienze sperimentali, scienze estate e modelli
  • Network science: caratteristiche e proprietà di network complessi
  • Vita artificiale: rappresentazione mediante network di fenomeni biologici
  • Vita artificiale: metodi bioispirati
  • Sistemi complessi: dinamiche di modelli a network e fenomeni emergenti 

Regolazione Genica

  • I network di regolazione trascrizionale e post-trascrizionale
  • Metodi sperimentali high-throughput per lo studio della regolazione genica
  • Analisi e interpretazione dei dati sperimentali
  • Metodi computazionali per lo studio della regolazione genica
  • Network di regolazione genica

Epidemiologia Molecolare e Inferenze Evolutive

  • Genetica di popolazione e cluster analysis
  • Epidemiologia molecolare: distanze genetiche ed evolutive
  • Filogenesi: modelli evolutivi e alberi
  • Evoluzione: inferenze a applicazioni

Testi consigliati e bibliografia

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Vita Artificiale e Sistemi Complessi

  • Andrea Tettamanzi e Marco Tomassini, Soft Computing, Springer
  • Mark Newman, Networks: an introduction, Oxford Press
  • Guido Caldarelli, Scale Free Networks, Cambridge
  • Alain Barrat, Marc Barthélemy e Alessandro Vespignani, Dynamical Processes on Complex Networks, Cambridge    

Regolazione Genica

  • Articoli indicati durante il corso

Epidemiologia Molecolare e Inferenze Evolutive

  • Page RDM and Holmes EC, Molecular evolution: A phylogenetic approach, Blackwell Science, Ltd., Oxford


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Orario lezioni

GiorniOreAula
Martedì13:00 - 16:00
Venerdì15:00 - 18:00

Lezioni: dal 03/03/2017 al 09/06/2017

Nota: Le lezioni inzieranno venerdì 3 marzo 2017 con il segiuente calendario:

- venerdì 3 marzo 2017, Giacobini lezione 1
- venerdì 10 marzo 2017, Giacobini lezione 2
- venerdì 17 marzo 2017, Giacobini lezione 3
- venerdì 24 marzo 2017, Giacobini lezione 4
- venerdì 31 marzo 2017, Giacobini lezione 5
- mercoledì 12 aprile 2017, Bertolotti lezione 1 ***
- martedì 18 aprile 2017, Provero lezione 1
- venerdì 21 aprile 2017, Bertolotti lezione 2
- venerdì 28 aprile 2017, Bertolotti lezione 3
- martedì 2 maggio 2017, Provero lezione 2
- venerdì 5 maggio 2017, Bertolotti lezione 4
- martedì 9 maggio 2017, Provero lezione 3
- venerdì 12 maggio 2017, Bertolotti lezione 5
- martedì 16 maggio 2017, Provero lezione 4
- martedì 23 maggio 2017, Provero lezione 5

- martedì 30 maggio 2017, esonero

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Note

Il corso si terrà nel secondo semestre. Gli studenti interessati a parteciparvi sono pregati di registrarsi su questa pagina. Prima dell'inizio delle lezioni del secondo semestre i docenti del corso contatteranno gli studenti registrati per concordare l'orario delle lezioni.

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Ultimo aggiornamento: 01/03/2017 15:29
Location: https://biotec.campusnet.unito.it/robots.html
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