- Oggetto:
- Oggetto:
Metodi di Biologia Computazionale
- Oggetto:
Methods in Computational Biology
- Oggetto:
Anno accademico 2016/2017
- Codice dell'attività didattica
- BIO0054
- Docenti
- Prof. Paolo PROVERO (Titolare del corso)
Luigi BERTOLOTTI (Titolare del corso)
Prof. Mario GIACOBINI (Titolare del corso) - Corso di studi
- Laurea Triennale in Biotecnologie
- Anno
- 3° anno
- Periodo didattico
- Secondo semestre
- Tipologia
- A scelta dello studente
- Crediti/Valenza
- 6
- SSD dell'attività didattica
- BIO/11 - biologia molecolare
INF/01 - informatica
VET/05 - malattie infettive degli animali domestici - Modalità di erogazione
- Tradizionale
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Facoltativa
- Tipologia d'esame
- Orale
- Prerequisiti
- Conoscenze di genetica e di biologia molecolare, in particolare dei meccanismi di regolazione genica.
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Il corso si propone di presentare agli studenti una panoramica sugli approcci che sono stati sviluppati nei campi della vita artificiale e dei sistemi complessi. In particolare, il filo conduttore del corso sarà lo studio della network science (reti e alberi) nella modellizzazione di fenomeni biologici, con particolare attenzione alle dinamiche molecolari evolutive e di regolazione genica, al fine di fornire agli studenti una panoramica dei concetti di filogenesi ed evoluzione degli organismi e degli approcci computazionali adatti agli studi di epidemiologia molecolare e della regolazione genica.
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Gli studenti acquisiranno la capacità di leggere criticamente lavori scientifici sulla modellizzazione mediante approcci computazionali di fenomeni biologici, che descrivono e analizzano risultati sperimentali high-throughput relativi alla regolazione ed espressione genica, oltre che inferenze di tipo evolutivo nel campo dell’epidemiologia molecolare
- Oggetto:
Modalità di insegnamento
Gli argomenti del corso verranno affrontati attraverso presentazioni dei docenti e la lettura critica di pubblicazioni scientifiche recenti.
- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
Colloquio orale che consiste nella presentazione di due articoli della letteratura primaria scelti dallo studente e relativi a due diverse parti del corso.
- Oggetto:
Attività di supporto
- Oggetto:
Programma
Vita Artificiale e Sistemi Complessi
- Scienze sperimentali, scienze estate e modelli
- Network science: caratteristiche e proprietà di network complessi
- Vita artificiale: rappresentazione mediante network di fenomeni biologici
- Vita artificiale: metodi bioispirati
- Sistemi complessi: dinamiche di modelli a network e fenomeni emergenti
Regolazione Genica
- I network di regolazione trascrizionale e post-trascrizionale
- Metodi sperimentali high-throughput per lo studio della regolazione genica
- Analisi e interpretazione dei dati sperimentali
- Metodi computazionali per lo studio della regolazione genica
- Network di regolazione genica
Epidemiologia Molecolare e Inferenze Evolutive
- Genetica di popolazione e cluster analysis
- Epidemiologia molecolare: distanze genetiche ed evolutive
- Filogenesi: modelli evolutivi e alberi
- Evoluzione: inferenze a applicazioni
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
Vita Artificiale e Sistemi Complessi
- Andrea Tettamanzi e Marco Tomassini, Soft Computing, Springer
- Mark Newman, Networks: an introduction, Oxford Press
- Guido Caldarelli, Scale Free Networks, Cambridge
- Alain Barrat, Marc Barthélemy e Alessandro Vespignani, Dynamical Processes on Complex Networks, Cambridge
Regolazione Genica
- Articoli indicati durante il corso
Epidemiologia Molecolare e Inferenze Evolutive
- Page RDM and Holmes EC, Molecular evolution: A phylogenetic approach, Blackwell Science, Ltd., Oxford
- Oggetto:
Orario lezioni
Giorni Ore Aula Martedì 13:00 - 16:00 Venerdì 15:00 - 18:00 Lezioni: dal 03/03/2017 al 09/06/2017
Nota: Le lezioni inzieranno venerdì 3 marzo 2017 con il segiuente calendario:
- venerdì 3 marzo 2017, Giacobini lezione 1
- venerdì 10 marzo 2017, Giacobini lezione 2
- venerdì 17 marzo 2017, Giacobini lezione 3
- venerdì 24 marzo 2017, Giacobini lezione 4
- venerdì 31 marzo 2017, Giacobini lezione 5
- mercoledì 12 aprile 2017, Bertolotti lezione 1 ***
- martedì 18 aprile 2017, Provero lezione 1
- venerdì 21 aprile 2017, Bertolotti lezione 2
- venerdì 28 aprile 2017, Bertolotti lezione 3
- martedì 2 maggio 2017, Provero lezione 2
- venerdì 5 maggio 2017, Bertolotti lezione 4
- martedì 9 maggio 2017, Provero lezione 3
- venerdì 12 maggio 2017, Bertolotti lezione 5
- martedì 16 maggio 2017, Provero lezione 4
- martedì 23 maggio 2017, Provero lezione 5- martedì 30 maggio 2017, esonero
- Oggetto:
Note
Il corso si terrà nel secondo semestre. Gli studenti interessati a parteciparvi sono pregati di registrarsi su questa pagina. Prima dell'inizio delle lezioni del secondo semestre i docenti del corso contatteranno gli studenti registrati per concordare l'orario delle lezioni.
- Oggetto: