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Abilità Informatiche - Secondo Anno
- Oggetto:
Anno accademico 2009/2010
- Docente
- Mario Giacobini (Titolare del corso)
- Insegnamento integrato
- Abilita Informatiche (B8026)
- Periodo didattico
- Secondo semestre
- Crediti/Valenza
- 7
- SSD dell'attività didattica
- INF/01 - informatica
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Programma
Verranno presentati dei concetti di base di algoritmica e programmazione. Tali concetti verranno applicati in laboratorio informatico, dove, utilizzando il sistema operativo Linux, sarà affrontata la programmazione in linguaggio di script e in Perl, con particolare attenzione alla gestione e manipolazione di file di interesse biologico. Infine verranno presentati alcuni problemi e metodi in bioinformatica: il sistema Entrez, gli algoritmi di allineamento di sequenze aminoacidiche e nucleotidiche, l'allineamento globale e locale, il Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), l'allinamento multiplo e l'analisi di sequenze conservate
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Jon Lasser, Think Unix, Que, 2000
- James Tisdall, Beginning Perl for Bioinformatics, O'Reilly, 2001
- Cynthia Gibas e Per Jambeck, Developing Bioinformatics Computer Skills, O'Reilly, 2001
- Robbe Wunschiers, Computational Biology: Unix/Linux, Data Processing and Programming, Springer, 2004- Oggetto:
Note
La presenza sia alle lezione sia ai laboratori informatici non è obbligatoria, ma fortemente consigliata.Sono previsti due test scritti in itinere (uno sulla parte Unix/Linux, l'altro sulla parte di algoritmica in Perl e sulla parte di Bioinformatica del corso di Biologia Molecolare del prof. Di Cunto) di cui sarà tenuto conto al momento dell'esame finale insieme con il test del primo anno.
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