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Abilità Informatiche - Secondo Anno

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Anno accademico 2007/2008

Docente
Mario Giacobini (Titolare del corso)
Insegnamento integrato
Periodo didattico
Secondo semestre
Crediti/Valenza
7
SSD dell'attività didattica
INF/01 - informatica
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Sommario insegnamento

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Programma

Verranno presentati dei concetti di base di algoritmica e programmazione. Tali concetti verranno applicati in laboratorio informatico, dove, utilizzando il sistema operativo Linux, sarà affrontata la programmazione in linguaggio di script e in Perl, con particolare attenzione alla gestione e manipolazione di file di interesse biologico. Infine verranno presentati alcuni problemi e metodi in bioinformatica: il sistema Entrez, gli algoritmi di allineamento di sequenze aminoacidiche e nucleotidiche, l'allineamento globale e locale, il Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), l'allinamento multiplo e l'analisi di sequenze conservate

Testi consigliati e bibliografia

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- Jon Lasser, Think Unix, Que, 2000
- James Tisdall, Beginning Perl for Bioinformatics, O'Reilly, 2001
- Cynthia Gibas e Per Jambeck, Developing Bioinformatics Computer Skills, O'Reilly, 2001


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Note

La presenza sia alle lezione sia ai laboratori informatici non è obbligatoria, ma fortemente consigliata.

Sono previsti due test scritti in itinere (uno sulla parte Unix/Linux, l'altro sulla parte di algoritmica in Perl) di cui sarà tenuto conto al momento dell'esame finale insieme con il test del primo anno e con l'esonero di Bioinformatica del corso di Biologia Molecolare (prof. Di Cunto).

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Ultimo aggiornamento: 22/09/2008 10:14
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