- Oggetto:
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C.I. GENOMICA COMPUTAZIONALE - Biologia Molecolare
- Oggetto:
Anno accademico 2010/2011
- Codice dell'attività didattica
- INT0238 - INT0256
- Docenti
- Lorenzo Silengo (Titolare del corso)
Ferdinando Di Cunto (Titolare del corso) - Corso di studi
- laurea spec. in biotecnologie molecolari ed Indirizzo Imaging
- Anno
- 1° anno
- Tipologia
- Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 3
- SSD dell'attività didattica
- BIO/11 - biologia molecolare
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Lo scopo del corso consiste nel trasmettere ai discenti le competenze concettuali e tecniche necessarie per poter comprendere gli sviluppi più recenti nel settore della genomica. In particolare, verranno tratte approfonditamente le risorse bioinformatiche disponibili al giorno d’oggi, sia per quel che concerne gli algoritmi di analisi, sia per quanto riguarda le princiapli banche dati pubbliche.
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Gli studenti dovranno dimostrare di aver compreso le basi teoriche su cui si fondano i principali strumenti di analisi del genoma e dovranno dimostrare di aver acquisito una buona padronanza nel loro utilizzo per la soluzione di specifici quesiti biologici
- Oggetto:
Programma
1. Concetti fondamentali della teoria dell’evoluzione importanti per la bioinformatica e
2. Algoritmi per l’allineamento di sequenze
- Sistemi di scoring degli allineamenti
- Algoritmi esatti per l’allineamento di coppie di sequenze
- Algoritmi euristici per l’allineamento di coppie di sequenze
- Allineamento multiplo di sequenze
- Matrici posizionali e identificazione di dominii conservati
3. Analisi filogenetica
- Introduzione agli alberi filogenetici, Distanze ultrametriche e additive
- Ricostruzione di alberi filogenetici: UPGMA, neighbor joining e maximum parsimony
4. Strategie di sequenziamento e di annotazione del genoma
- Sequenziamento e assemblaggio: deep sequencing
- Definizione delle regioni trascritte del genoma: EST, CAGE, tiling arrays
- Ricerca di geni nel genoma mediante Hidden Markov models e reti neurali
- Browser genomici e genomica integrativa
- Lezioni frontali: 30 ore
- Seminari: 8 h
- Esercitazioni al calcolatore: 12 or
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Valle: Introduzione alla bioinformatica (Zanichelli)
- Lesk: Introduzione alla bioinformatica (McGraw Hill)
- Oggetto:
Note
La comprensione dei contenuti del corso richiede di aver acquisito delle solide basi relativamente alle seguenti materie:
Biologia generale; Genetica generale; Biologia Molecolare; Genetica Molecolare; Informatica di base.
- Oggetto:
