- Oggetto:
- Oggetto:
C.I. GENOMICA COMPUTAZIONALE - Biologia Molecolare
- Oggetto:
I.C. COMPUTATIONAL GENOMICS - Molecular Biology
- Oggetto:
Anno accademico 2013/2014
- Codice dell'attività didattica
- INT0686 - INT0666
- Docenti
- Prof. Lorenzo SILENGO (Titolare del corso)
Prof. Ferdinando DI CUNTO (Titolare del corso)
Pier Paolo Pandolfi De Rinaldis (Titolare del corso) - Corso di studi
- laurea spec. in biotecnologie molecolari ed Indirizzo Imaging
- Anno
- 1° anno
- Tipologia
- Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 5 (INT0686) - 7 (INT0666)
- SSD dell'attività didattica
- BIO/11 - biologia molecolare
- Modalità di erogazione
- Tradizionale
- Lingua di insegnamento
- Inglese
- Modalità di frequenza
- Obbligatoria
- Tipologia d'esame
- Scritto ed orale
- Modalità d'esame
- Italiano:
La prova scritta consiste nella soluzione di una serie problema mediante l'utilizzo interattivo online delle risorse bioinformatiche trattate nel corso.
La prova orale consiste nella discussione dell'elaborato e dei principali argomenti teorici trattati nel corso.English:
The written test will require to solve a series of problems through the online interactive usage of the bioinformatic resources treated during the course.
The oral exam will consist of the discussion of the written test and of the main theoretical problems trated during the course. - Prerequisiti
- Italiano:
La comprensione dei contenuti del corso richiede di aver acquisito delle solide basi relativamente alle seguenti materie: Biologia generale; Genetica generale; Biologia Molecolare; Genetica Molecolare; Bioinformatica di base.English:
The understanding of the course's contents requires solid bases in the following fields: General Biology and Genetics, Basic Molecular Biology, Molecular Genetics, Basic Bioinformatics - Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Lo scopo del corso consiste nel trasmettere ai discenti le competenze concettuali e tecniche necessarie per poter comprendere gli sviluppi più recenti nel settore della genomica. In particolare, verranno tratte approfonditamente le risorse bioinformatiche disponibili al giorno d’oggi, sia per quel che concerne gli algoritmi di analisi, sia per quanto riguarda le princiapli banche dati pubbliche.The aim of the course is to transfer to students the conceptual and technical knowledge necessary to understand the most recent developments in the field of genomics. In particular, we will undertake a deep analysis of the available bioinformatic resources, both for what concerns the main algorithms and the main public databases.- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Gli studenti dovranno dimostrare di aver compreso le basi teoriche su cui si fondano i principali strumenti bioinformatici di analisi del genoma e dovranno dimostrare di aver acquisito una buona padronanza nel loro utilizzo per la soluzione dei problemi biologici più comuni legati all'analisi di geni e genomi.Students will need to show that they understand the theoretical bases underlying the principal bioinformatic tools for genome analysis and that they know how to use them to solve the most common biological problems related to the analysis of genes and genomes.- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
Esame scritto e oraleWritten and oral exam.- Oggetto:
Attività di supporto
Esercitazioni al calcolatore in laboratorio informatico.Practical training within informatic laboratory- Oggetto:
Programma
1. Concetti fondamentali della teoria dell’evoluzione.2. Algoritmi per l’allineamento di sequenze
- Sistemi di scoring degli allineamenti
- Algoritmi esatti per l’allineamento di coppie di sequenze
- Algoritmi euristici per l’allineamento di coppie di sequenze
- Allineamento multiplo di sequenze
- Matrici posizionali e identificazione di dominii conservati
3. Analisi filogenetica
- Introduzione agli alberi filogenetici, Distanze ultrametriche e additive
- Ricostruzione di alberi filogenetici: UPGMA, neighbor joining e maximum parsimony
4. Strategie di sequenziamento e di annotazione del genoma
- Sequenziamento e assemblaggio: deep sequencing
- Definizione delle regioni trascritte del genoma: EST, CAGE, tiling arrays
- Ricerca di geni nel genoma mediante Hidden Markov models e reti neurali
- Browser genomici e genomica integrativa
- Lezioni frontali: 30 ore
- Seminari: 8 h
- Esercitazioni al calcolatore: 12 ore
1. Fundamental concepts of the evolution theory.
2. Sequence alignment algorithms
- Scoring systems for sequence alignments
- Exact algorithms for pairwise alignment
- Euristic algorithms for pairwise alignment
- Multiple alignment of sequences
- Positional matrices and identification of conserved domains
3. Phylogenetic analysis
- Introduction to phylogenetic trees
- Ultrametric and additive distances
- Reconstruction of phylogenetic trees: UPGMA, neighbor joining e maximum parsimony
4. Genome sequencing and annotation strategies
- Sequencing and assembly: deep sequencing
- Definition of the transcribed regions of a genome: EST, CAGE, tiling arrays
- Gene search in the genome through Hidden Markov models and neural networks
- Genomic browsers and integrative genomics
- Frontal lessons: 30 hours
- Seminars: 8 hours
- Practical training at the PC : 12 hours
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Valle: Introduzione alla bioinformatica (Zanichelli)
- Lesk: Introduzione alla bioinformatica (McGraw Hill) (Italiano)
- Lesk: Introduction to bioinformatics (McGraw Hill) (English)
- Oggetto: