- Oggetto:
- Oggetto:
C.I. Di Genomica ed Epigenomica - Genomica ed Epigenomica Computazionale
- Oggetto:
Genomics and Epigenomics: Computational Genomics and Epigenomics
- Oggetto:
Anno accademico 2014/2015
- Codice dell'attività didattica
- BIO0005
- Docente
- Dott. Paolo PROVERO (Titolare del corso)
- Corso di studi
- laurea spec. in biotecnologie molecolari - a torino
- Anno
- 1° anno
- Tipologia
- Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 5
- SSD dell'attività didattica
- INF/01 - informatica
- Modalità di erogazione
- Tradizionale
- Lingua di insegnamento
- Inglese
- Modalità di frequenza
- Obbligatoria
- Tipologia d'esame
- Scritto ed orale
- Prerequisiti
- 0
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Il modulo si propone di dotare gli studenti dei concetti e strumenti principali per l'analisi computazionale di dati concernenti l'espressione genica e la sua regolazione trascrizionale.The aim of the course is to provide the students with the main concepts and tools used in the computational analysis of gene expression and its transcriptional regulation- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Gli studenti saranno in grado di- comprendere le problematiche affrontate e le metodologie usate nello studio di dati di espressione e regolazione genica su scala genomica, anche attraverso la lettura critica di lavori tratti dalla letteratura primaria
- analizzare dati di espressione genica per ricavare liste di geni differenzialmente espressi
- analizzare dati di ChIP-seq relativi a siti di legame di fattori di trascrizione o modificazioni epigenetiche del DNA
- analizzare liste di geni ottenute con i metodi descritti sopra dal punto di vista dell'arricchimento funzionale
The students will be able to- understand the problems tackled and the methods used in analyzinggene expression and regulation data on a genomic scale, also through the critical reading of articles selected from the primary literature
- analyze gene expression data to obtain lists of differentially expressed genes
- analyze ChIP-seq data for transcription factor binding sites or epigenetic modifications of DNA
-analyze the functional enrichment of gene lists obtained with the methods described above
- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
Esame scritto e presentazione orale di un lavoro di letteraturaWritten test and oral presentation of an article from the literature0
- Oggetto:
Attività di supporto
Esercitazioni di analisi dati in aula informaticaData analysis exercises in computer room- Oggetto:
Programma
1. Analisi di dati di espressione genica:
- class comparison
- class discovery
- arricchimento funzionale di liste di geni
- classificazione molecolare delle patologie
2. Analisi di dati di regolazione genica
- analisi di dati di ChIP-seq
- evoluzione e variazione della regolazione genica
- evoluzione e variazione dell'espressione genica
1. Analysis of gene expression data
- class comparison
- class discovery
- functional enrichment of gene lists
- molecular classification of pathologies
2. Analysis of gene regulation data
- analysis of ChIP-seq data
- evolution and variation of gene regulation
- evolution and variation of gene expression
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
Slides del docente e articoli selezionati per la lattura critica, tra cui:
Schmidt, D., Schwalie, P. C., Wilson, M. D., Ballester, B., Gonçalves, A., Kutter, C., … Odom, D. T. (2012). Waves of retrotransposon expansion remodel genome organization and CTCF binding in multiple mammalian lineages. Cell, 148(1-2), 335–48. doi:10.1016/j.cell.2011.11.058
Lappalainen, T., Sammeth, M., Friedländer, M. R., ’t Hoen, P. a C., Monlong, J., Rivas, M. a, … Dermitzakis, E. T. (2013). Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans. Nature, 501(7468), 506–11. doi:10.1038/nature12531
Brawand, D., Soumillon, M., Necsulea, A., Julien, P., Csárdi, G., Harrigan, P., … Kaessmann, H. (2011). The evolution of gene expression levels in mammalian organs. Nature, 478(7369), 343–348. doi:10.1038/nature10532
Heinz, S., Romanoski, C. E., Benner, C., Allison, K. A., Kaikkonen, M. U., Orozco, L. D., & Glass, C. K. (2013). Effect of natural genetic variation on enhancer selection and function. Nature. doi:10.1038/nature12615
Slides and selected articles including:
Schmidt, D., Schwalie, P. C., Wilson, M. D., Ballester, B., Gonçalves, A., Kutter, C., … Odom, D. T. (2012). Waves of retrotransposon expansion remodel genome organization and CTCF binding in multiple mammalian lineages. Cell, 148(1-2), 335–48. doi:10.1016/j.cell.2011.11.058
Lappalainen, T., Sammeth, M., Friedländer, M. R., ’t Hoen, P. a C., Monlong, J., Rivas, M. a, … Dermitzakis, E. T. (2013). Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans. Nature, 501(7468), 506–11. doi:10.1038/nature12531
Brawand, D., Soumillon, M., Necsulea, A., Julien, P., Csárdi, G., Harrigan, P., … Kaessmann, H. (2011). The evolution of gene expression levels in mammalian organs. Nature, 478(7369), 343–348. doi:10.1038/nature10532
Heinz, S., Romanoski, C. E., Benner, C., Allison, K. A., Kaikkonen, M. U., Orozco, L. D., & Glass, C. K. (2013). Effect of natural genetic variation on enhancer selection and function. Nature. doi:10.1038/nature12615
- Oggetto: