- Oggetto:
C.I. BIOLOGIA MOLECOLARE E BIOINFORMATICA - Bioinformatica
- Oggetto:
Anno accademico 2010/2011
- Codice dell'attività didattica
- INT0204
- Docenti
- Prof. Mario Giacobini (Titolare del corso)
Paolo Provero (Titolare del corso) - Corso di studi
- laurea i^ liv. in biotecnologie - a torino
- Anno
- 2° anno
- Periodo didattico
- Primo semestre
- Tipologia
- Di base
- Crediti/Valenza
- 6
- SSD dell'attività didattica
- INF/01 - informatica
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Il modulo intende fornire agli studenti le conoscenze utili allo sviluppo della soluzione a problemi biologici mediante l’applicazione di tecniche di programmazione e l’utilizzo di tecniche classiche della bioinformatica. Lo scopo principale di questo modulo è di rendere lo studente capace di studiare soluzioni informatiche a problemi di ambito biologico e di capire la complessità di queste.The goal of this module is to provide students with the necessary knowledge and skills to solve biological problems by means of computer programming and the basic techniques of bioinformatics. At the and of the module the students will be able to devise computational solutions to biological problems and to understand their complexity.- Oggetto:
Programma
Verranno presentati dei concetti di base di algoritmica e programmazione. Tali concetti verranno applicati in laboratorio informatico, dove, utilizzando il sistema operativo Linux, i concetti base di algoritmica verranno affrontati utilizzando la programmazione in Perl, con particolare attenzione alla gestione e manipolazione di file di interesse biologico.
Infine verranno presentati alcuni problemi e metodi in bioinformatica: il sistema Entrez, gli algoritmi di allineamento di sequenze aminoacidiche e nucleotidiche, l'allineamento globale e locale, il Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), l'allinamento multiplo e l'analisi di sequenze conservate. Infine verranno presentati i concetti fondamentali dell'analisi di dati di espressione genica su scala genomica.The course will introduce the students to the basic concepts of algorithms and computer programming. These concepts will be applied in the computer lab, where the basic notions on algorithms will be put into practice using the Perl programming language in a Linux environment. Special consideration will be given to the management and manipulation of data files of biological origin.
The students will also be introduced to the main problems and methods of Bioinformatics: the Entrez system of databases, principles and algorithms for global and local sequence alignment, the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), algorithms for multiple sequence alignments and the analysis of sequence conservation. Finally the students will be introduced to the main aspects of the analysis of gene expression data on a genomic scale.Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- James Tisdall, Beginning Perl for Bioinformatics, O'Reilly, 2001
- Cynthia Gibas e Per Jambeck, Developing Bioinformatics Computer Skills, O'Reilly, 2001
- Robbe Wunschiers, Computational Biology: Unix/Linux, Data Processing and Programming, Springer, 2004
- NCBI tutorial to the Entrez system (freely available at the URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/entrez_tutorial_BIB.pdf)
- Oggetto:
Note
All'esame orale potranno presentarsi solo gli studenti che abbiano superato l'esonero scritto del modulo di Biologia Molecolare, la cui validità è di un anno.Only once succeeded in the written test of the module of Molecular Biology, the students will be admitted to the oral exam. The written test result is valid for a year.- Oggetto:
