Corso di Laurea in Biotecnologie

Biologia Molecolare II

Anno accademico 2008/2009

Sommario insegnamento

• Obiettivi formativi
• Risultati dell'apprendimento attesi
• Programma
• Testi consigliati e bibliografia
• Note
• Strumenti didattici

Obiettivi formativi

Risultati dell'apprendimento attesi

Programma

            -Il phage display

            -Le librerie di attameri (selex)

• Ripasso dei concetti di base dellaregolazione della trascrizione.
  
• Sistemi multimolecolari emodificazioni epigenetiche:
  

            -Attivatori e co-attivatori, l’oloenzima, il “Mediatore”

            -Controllo combinatoriale dell’espr. genica, enhanceosoma

            -attivita’ acetilasiche e de-acetilasiche, rimodellamento della struttura dellacromatina

• Basi molecolari del funzionamento deifattori di trascrizione
  

            -Riconoscimento della sequenza, regolazione attivita’, reclutamento suipromotori

• Caratterizzazione dei promotorieucariotici e dei meccanismi di regolazione della trascrizione:
  

            -saggi trascrizionali con geni reporter, footprinting in vitro e in vivo

            -EMSA, saggi di immunoprecipitazione della cromatina

• Metilazione del DNA e regolazione epigenetica della trascrizione
  
• Repressione trascrizionale
  
• Integrazione spaziale e funzionale dell’espressionegenica
  

            -le “transcrition factories”

            -l’architettura del nucleo

• Regolazione dell’espressione genicamediata da RNA:
  

            -Gli RNA anti-senso

            -I micro-RNA e l’ RNA interference

•  Esercitazioni in laboratorio su argomenti del programma.

R. Weaver, Biologia Molecolare, McGraw-Hill

H. Lodish e altri, “Biologia Molecolare della cellula”, Zanichelli

Ptashne e Gann, “Geni e segnali”, Zanichelli (per la parte che riguarda la regolazione della trascrizione)

Melino e Ciliberto (eds) Argomenti di Biologia Molecolare (Seu)

Letture per l’esame:

Phage display
Letture consigliate:
Azzazy and Highsmith, 2002, Clinical Biochemistry 35, 425-445
Cortese et al., 1996, Curr. Opinion in Biotechnology 7, 616-621
Trepel et al., 2002, Curr. Opinion in Chemical Biology 6, 399-404
Wiesehan and Willbold, 2003, ChemBioChem 4, 811-815

Lavori presentati a lezione e da preparare:
Rajotte et al., 1998, J. Clin. Invest. 102, 430-437
Mennuni et al., 1996, J. of Autoimmunity 9, 431-436
Puntoriero et al., 1998, EMBO J. 17, 3521-3533

Attameri:
Letture consigliate:
White et al., 2000, J. Clin. Invest. 106, 929
Bittker et al., 2002, Curr Opinion in Chemical Biology 6, 367-374

Lavori presentati a lezione e da preparare:
Hamm et al., 1997, PNAS 94, 12839-12844; Tuddenham, 2002, Nature 419, 23-24
Rusconi et al., 2002, Nature 419, 90-94

Trascrizione:
Letture consigliate:
Merika M, Thanos D. Curr Opin Genet Dev. 2001 11:205-8.
Nightingale et al., Curr Opin in Genet & Dev. 2006, 16:125-136
Fraser and Bickmore, 2007, Nature 447, 413

Lavori presentati a lezione e da preparare:
Agalioti et al Cell 2000
Agalioti et al. Cell 2002, 111, 381-392
Bosisio et al. EMBO J. 2006, 25, 798-810

RNAi & miRNAs
Reviews:
Du and Zamore, Development 2005, 132, 4654
Chen and Rajewsky, Nat Rev Gen 2007, 8, 93
Esquela-Kerscher and Slack, Nat Rev Cancer 2006, 6, 259
Calin and Croce, Oncogene 2006, 25, 6202
Chan and Slack, Dev Cell 2007, 13, 605
Filipowicz et al., Nat Rev Genetics 2008, 9, 102

Lavori:
Fazi et al., Cell 2005, 123, 819
Rubinson et al., Nature Genetics 2003, 33, 401
Soutscheck et al., Nature 2004, 432, 173

Note

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