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Biochemical, molecular and cellular technologies A

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Biochemical, molecular and cellular technologies A

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Anno accademico 2019/2020

Codice dell'attività didattica
BIO0201A
Docente
Prof. Luca Primo (Titolare del corso)
Insegnamento integrato
Corso di studi
Laurea Triennale in Biotecnologie
Anno
3° anno
Periodo didattico
Primo semestre
Tipologia
A scelta dello studente
Crediti/Valenza
3
SSD dell'attività didattica
BIO/10 - biochimica
Modalità di erogazione
Mista
Lingua di insegnamento
Inglese
Modalità di frequenza
Facoltativa
Tipologia d'esame
Scritto ed orale
Prerequisiti
Biochimica, Biologia Molecolare e Genetica di base.
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Sommario insegnamento

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Obiettivi formativi

Modulo biochimica e tecnologie cellulari:

La  finalità del modulo consiste nel fornire agli studenti la conoscenza teorico-pratica delle più importanti metodologie del laboratorio biologico: colture cellulari, valutazione di vitalità e proliferazione cellulare, estrazione e purificazione di acidi nucleici e proteine, caratterizzazione funzionale e biochimica delle proteine.

Biochemistry and Cellular Technology Module:

The purpose of the biochemical methods is to give students the theoretical and practical knowledge of the most important methods of biological laboratory: cell culture, cell viabilty and proliferation assay, extraction and purification of nucleci acids and proteins, functional and biochemical characterization of proteins.

Molecular Biology Module:

The purpose of the Molecular Biology Module is to give students the theoretical and practical knowledge of the most important methods in DNA/RNA sequencing and bioinformatics data analysis

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Risultati dell'apprendimento attesi

Modulo di biochimica e tecnologie cellulari:

Lo studente dovrà conoscere le basi teoriche e le applicazioni delle procedure illustrate.

Biochemistry and Molecular Biology Module:

The student should be able to navigate through procedures (and be aware of the limitations of them)

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Modalità di insegnamento

Teorico - pratica

Oggetto:

Modalità di verifica dell'apprendimento

Test scritto
domande chiuse o semistrutturate

Writed text
Open and closed questions 

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Attività di supporto

laboratorio pratico per il modulo di biochimica: 16 ore

Practical laboratory for the biochemistry method: 16 hours

Practical laboratory for the Molecular Biology module: 16 hours

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Programma

PROGRAMMA MODULO BIOCHIMICA e TECNOLOGIE CELLULARI (Prof. PRIMO)

  • Tecniche di lavoro in sterilità, mantenimento e propagazione di una coltura 2D
  • Colture cellulari 3D
  • Valutazione della vitalità cellulare 
  • Valutazione della proliferazione cellulare
  • Estrazione di molecole biologiche da tessuti e cellule
  • Elettroforesi di proteine e western blot
  • Immunofluorescenza e analisi al microscopio confocale
  • laboratorio pratico: purificazione di un plasmide con proteina di fusione GFP, trasfezione di cellule in coltura, analisi dell'espressione e della localizzazione cellulare

PROGRAMMA MODULO BIOLOGIA MOLECOLARE (Prof. Calogero)

Tecnologie di sequenziamento di seconda generazione.

Il modulo si focalizza sulla comprensione delle tecnologie di sequenziamento di seconda generazione.

Il corso coprirà gli aspetti sperimentali e computazionali del sequenziamento del DNA e del RNA.

Introduzione sulle tecnologie di sequenziamento:

  • Illumina (HISeq, MiSeq), Roche (454), Life Technologies (Ion Torrent).

Preparazione dei campioni:

  • miRNA-seq
  • mRNA seq
  • whole transcriptome sequencing
  • directional sequencing
  • enrichment protocols
  • DNA exome
  • DNA whole genome

Analisi dei dati

  • Mapping
  • Filtering
  • Differential expression
  • SNP calls

Esempi di applicazioni delle suddette tecnologie

Modulo biochimica: Lezioni teoriche 18 ore. Laboratorio purificazione proteine 16 ore.

Biochemistry and Cellular Technology Module

The following techniques will be treated in the module:

  • Sterile cell culture technique, propagation of 2D cell culture
  • 3D cell cultures
  • Assays of cell viability and proliferation.
  • Isolation and purification of biological moleucles from cells and tissues
  • Electrophoresis techniques for purity check. PAGE, IEF and 2D electrophoresis for proteomics.
  • Protein blotting and decoration 
  • Immunofluorescence and confocal microscopy
  • Lab practicals: Recombinant protein expression systems. purification of a GST-tag fusion protein, enzyme activity assay by spectrophotometric methods. SDS-PAGE, western blotting, protein quantitation and discussion on characterisation techniques by spectrophotometric advanced methods.

Molecular Biology Module

The Molecular Biology Module will focus on second and third generation DNA sequencing technologies.

The module focuses on experimental and computational aspects of DNA/RNA sequencing.

Introduction to sequencing technologies:

  • Illumina (HISeq, MiSeq), Roche (454), Life Technologies (Ion Torrent).

Sample preparation:

  • miRNA-seq
  • mRNA seq
  • whole transcriptome sequencing
  • directional sequencing
  • enrichment protocols
  • DNA exome
  • DNA whole genome

Bioinformatics analysis approaches

  • Mapping
  • Filtering
  • Differential expression
  • SNP calls

Examples of the above mentioned technologies and analytical methods

Biochemistry method: theoretical lessons 8 hours. Protein purification laboratory 16 hours.

Molecular Biology Module: theoretical lessons 8 hours, laboratory and data analysis 16 hours

Testi consigliati e bibliografia

Oggetto:

Rob Reed, David Holmes, Jonathan Weyers, Allan Jones Metodologie di base per le scienze biomolecolari, Zanichelli (2002).

oppure

A.J. Ninfa, D.P. Ballou. Metodologie di base per la biochimica e la biotecnologia. Zanichelli (2000).

oppure

IC Wilson, J. Walker. Metodologia biochimica: le tecniche biochimiche in laboratorio. Ed. Raffaello Cortina (1995).

Biochemistry

Rob Reed, David Holmes, Jonathan Weyers, Allan Jones Metodologie di base per le scienze biomolecolari, Zanichelli (2002).

oppure

A.J. Ninfa, D.P. Ballou. Metodologie di base per la biochimica e la biotecnologia. Zanichelli (2000).

oppure

IC Wilson, J. Walker. Metodologia biochimica: le tecniche biochimiche in laboratorio. Ed. Raffaello Cortina (1995).

Molecular Biology

Material provided during lessons.



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Orario lezioni

GiorniOreAula
Giovedì14:00 - 17:00

Lezioni: dal 04/10/2018 al 20/12/2018

Nota: Lezioni Valetti:

Lezioni frontali
4 ottobre 2018 14-17 aula Eraclito, via Nizza 52
11 ottobre 2018 14-17 aula Eraclito, via Nizza 52
18 ottobre 2018 14-17 aula Eraclito, via Nizza 52
25 ottobre 2018 14-17 aula Eraclito, via Nizza 52
13 dicembre 2018 14-17 aula Eraclito, via Nizza 52
20 dicembre 2018 14-17 aula Eraclito, via Nizza 52

Laboratorio
6 novembre 2018 ore 14-18, DBIOS, via Accademia Albertina 13
22 novembre 2018
29 novembre 2018
6 dicembre 2018

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Note

 Si prega di contattare i docenti via e-mail agli indirizzi sotto indicati per ulteriori informazioni e dettagli e per segnalare l'interesse a frequentare il corso opzionale

raffaele.calogero@unito.it

luca.primo@unito.it

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Ultimo aggiornamento: 27/06/2019 18:18
Location: https://biotec.campusnet.unito.it/robots.html
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