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BIOCHEMICAL, MOLECULAR AND CELLULAR TECHNOLOGIES

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BIOCHEMICAL, MOLECULAR AND CELLULAR TECHNOLOGIES

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Anno accademico 2019/2020

Codice dell'attività didattica
BIO0201
Docenti
Prof. Luca Primo (Titolare del corso)
Prof. Raffaele Adolfo Calogero (Titolare del corso)
Corso di studi
Laurea Triennale in Biotecnologie
Anno
3° anno
Periodo didattico
Primo semestre
Tipologia
A scelta dello studente
Crediti/Valenza
6
SSD dell'attività didattica
BIO/10 - biochimica
BIO/11 - biologia molecolare
Modalità di erogazione
Tradizionale
Lingua di insegnamento
Inglese
Modalità di frequenza
Facoltativa
Tipologia d'esame
Scritto
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Sommario insegnamento

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Obiettivi formativi

Biochemistry and Cellular Technology Module:

The purpose of the biochemical methods is to give students the theoretical and practical knowledge of the most important methods of biological laboratory: cell culture, cell viabilty and proliferation assay, extraction and purification of nucleci acids and proteins, functional and biochemical characterization of proteins.

Molecular Biology Module:

The purpose of the Molecular Biology Module is to give students the theoretical and practical knowledge of the most important methods in DNA/RNA sequencing and bioinformatics data analysis

 

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Risultati dell'apprendimento attesi

Biochemistry and Molecular Biology Module:

The student should be able to navigate through procedures (and be aware of the limitations of them)

 

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Modalità di insegnamento

Biochemistry and Molecular Biology Module:

Lessons and practical laboratory activities

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Modalità di verifica dell'apprendimento

Biochemistry and Molecular Biology Module:

Writed text
Open and closed questions

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Attività di supporto

Biochemistry and Molecular Biology Module:

Practical laboratory for the biochemistry method: 16 hours

Practical laboratory for Next Generation Sequencing: 16 hours

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Programma

Biochemistry and Cellular Technology Module

The following techniques will be treated in the module:

  • Sterile cell culture technique, propagation of 2D cell culture
  • 3D cell cultures
  • Assays of cell viability and proliferation.
  • Isolation and purification of biological moleucles from cells and tissues
  • Electrophoresis techniques for purity check. PAGE, IEF and 2D electrophoresis for proteomics.
  • Protein blotting and decoration 
  • Immunofluorescence and confocal microscopy
  • Lab practicals: Recombinant protein expression systems. purification of a GST-tag fusion protein, enzyme activity assay by spectrophotometric methods. SDS-PAGE, western blotting, protein quantitation and discussion on characterisation techniques by spectrophotometric advanced methods.

Molecular Biology Module

The Molecular Biology Module will focus on second and third generation DNA sequencing technologies.
The module focuses on experimental and computational aspects of DNA/RNA sequencing.
Introduction to sequencing technologies:

  • Illumina (HISeq, MiSeq), Roche (454), Life Technologies (Ion Torrent).

Sample preparation:

  • miRNA-seq
  • mRNA seq
  • whole transcriptome sequencing
  • directional sequencing
  • enrichment protocols
  • DNA exome
  • DNA whole genome

Bioinformatics analysis approaches

  • Mapping
  • Filtering
  • Differential expression
  • SNP calls

Examples of the above mentioned technologies and analytical methods
Molecular Biology Module: theoretical lessons 8 hours, laboratory and data analysis 16 hours

 

Testi consigliati e bibliografia

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Biochemistry

Rob Reed, David Holmes, Jonathan Weyers, Allan Jones Metodologie di base per le scienze biomolecolari, Zanichelli (2002).

or

A.J. Ninfa, D.P. Ballou. Metodologie di base per la biochimica e la biotecnologia. Zanichelli (2000).

or

IC Wilson, J. Walker. Metodologia biochimica: le tecniche biochimiche in laboratorio. Ed. Raffaello Cortina (1995).

 

Molecular Biology Module:

RNA-seq Data Analysis: A Practical Approach
Autore: Eija Korpelainen, Jarno Tuimala, Panu Somervuo, Mikael Huss, Garry WongEdizione: 1st Edition
Casa editrice: Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology
ISBN: 9781466595002
Url: https://www.crcpress.com/RNA-seq-Data-Analysis-A-Practical-Approach/Korpelainen-Tuimala-Somervuo-Huss-Wong/p/book/9781466595002

 



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Orario lezioni

Lezioni: dal 17/10/2019 al 17/01/2020

Nota: Giovedi Aula Eraclito
Venerdi Aula Timina

Prof. Calogero
17 Ottobre 14-17
18 Ottobre 11-14
31 Ottobre 14-17
21 Novembre 14-17
22 Novembre 11-14
12 Dicembre 14-17
9 Gennaio 14-17
16 Gennaio 14-17

Prof. Primo
24 Ottobre 14-17
25 Ottobre 10-13
5 Dicembre 14-17
6 Dicembre 10-13
13 Dicembre 10-13
19 Dicembre 14-17
10 Gennaio 10-13
17 Gennaio 10-13

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Note

Si prega di contattare i docenti via e-mail agli indirizzi sotto indicati per ulteriori informazioni e dettagli e per segnalare l'interesse a frequentare il corso opzionale

raffaele.calogero@unito.it

luca.primo@unito.it

 

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Moduli didattici

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Ultimo aggiornamento: 18/03/2020 14:20
Location: https://biotec.campusnet.unito.it/robots.html
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