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Biochemical, molecular and cellular technologies B

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Biochemical, molecular and cellular technologies B

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Anno accademico 2019/2020

Codice dell'attività didattica
BIO0201B
Docente
Prof. Raffaele Adolfo Calogero (Titolare del corso)
Insegnamento integrato
Corso di studi
Laurea Triennale in Biotecnologie
Anno
3° anno
Periodo didattico
Primo semestre
Tipologia
A scelta dello studente
Crediti/Valenza
3
SSD dell'attività didattica
BIO/11 - biologia molecolare
Modalità di erogazione
Mista
Lingua di insegnamento
Inglese
Modalità di frequenza
Facoltativa
Tipologia d'esame
Scritto ed orale
Prerequisiti
Biochimica, Biologia Molecolare e Genetica di base.
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Sommario insegnamento

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Obiettivi formativi

Modulo di Biologia Molecolare:

Lo scopo del presente modulo e' dare allo studente la conoscenza teorica e pratica delle metodologie di sequenziamento di DNA/RNA e dell'analisi dei dati generati con le suddette tecnologie

Molecular Biology Module:

The purpose of the Molecular Biology Module is to give students the theoretical and practical knowledge of the most important methods in DNA/RNA sequencing and bioinformatics data analysis

 

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Risultati dell'apprendimento attesi

Modulo di Biologia Molecolare:

Lo studente deve essere capace di destreggiarsi tra le varie metodiche ed essere consapevole delle loro limitazioni

Molecular Biology Module:

The student should be able to navigate through procedures (and be aware of the limitations of them)

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Modalità di insegnamento

Lezioni frontali ed esercitazioni

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Modalità di verifica dell'apprendimento


Test scritto
domande chiuse o semistrutturate


Writed text
Open and closed questions 

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Attività di supporto

Laboratorio di Biologia Molecolare e data analysis per il modulo di Biologia Molecolare: 16 hours

Practical laboratory and data analysis for the Molecular Biology module: 16 hours

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Programma

PROGRAMMA MODULO BIOLOGIA MOLECOLARE (Prof. Calogero)

Tecnologie di sequenziamento di seconda generazione.

Il modulo si focalizza sulla comprensione delle tecnologie di sequenziamento di seconda generazione.

Il corso coprirà gli aspetti sperimentali e computazionali del sequenziamento del DNA e del RNA.

Introduzione sulle tecnologie di sequenziamento:

  • Illumina (HISeq, MiSeq), Roche (454), Life Technologies (Ion Torrent).

Preparazione dei campioni:

  • miRNA-seq
  • mRNA seq
  • whole transcriptome sequencing
  • directional sequencing
  • enrichment protocols
  • DNA exome
  • DNA whole genome

Analisi dei dati

  • Mapping
  • Filtering
  • Differential expression
  • SNP calls

Esempi di applicazioni delle suddette tecnologie

Molecular Biology Module

The Molecular Biology Module will focus on second and third generation DNA sequencing technologies.
The module focuses on experimental and computational aspects of DNA/RNA sequencing.
Introduction to sequencing technologies:

  • Illumina (HISeq, MiSeq), Roche (454), Life Technologies (Ion Torrent).

Sample preparation:

  • miRNA-seq
  • mRNA seq
  • whole transcriptome sequencing
  • directional sequencing
  • enrichment protocols
  • DNA exome
  • DNA whole genome

Bioinformatics analysis approaches

  • Mapping
  • Filtering
  • Differential expression
  • SNP calls

Examples of the above mentioned technologies and analytical methods
Molecular Biology Module: theoretical lessons 8 hours, laboratory and data analysis 16 hours

Testi consigliati e bibliografia

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Molecular Biology:

Material provided during lessons.

RNA-seq Data Analysis: A Practical Approach
Autore: Eija Korpelainen, Jarno Tuimala, Panu Somervuo, Mikael Huss, Garry WongEdizione: 1st Edition
Casa editrice: Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology
ISBN: 9781466595002
Url: https://www.crcpress.com/RNA-seq-Data-Analysis-A-Practical-Approach/Korpelainen-Tuimala-Somervuo-Huss-Wong/p/book/9781466595002



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Orario lezioni

GiorniOreAula
Giovedì14:00 - 17:00
Venerdì10:00 - 13:00

Lezioni: dal 18/10/2019 al 17/01/2020

Nota: Prof. Calogero
17 Ottobre 14-17
18 Ottobre 10-13
31 Ottobre 14-17
21 Novembre 14-17
22 Novembre 10-13
12 Dicembre 14-17
9 Gennaio 14-17
16 Gennaio 14-17

Prof. Primo
24 Ottobre 14-17
25 Ottobre 10-13
5 Dicembre 14-17
6 Dicembre 10-13
13 Dicembre 10-13
19 Dicembre 14-17
10 Gennaio 10-13
17 Gennaio 10-13

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Note

Si prega di contattare i docenti via e-mail agli indirizzi sotto indicati per ulteriori informazioni e dettagli e per segnalare l'interesse a frequentare il corso opzionale

raffaele.calogero@unito.it

 

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Ultimo aggiornamento: 25/09/2019 15:50
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