- Oggetto:
- Oggetto:
C.I. TECNOLOGIE BIOCHIMICHE MOLECOLARI E CELLULARI
- Oggetto:
techniques in biochemistry, molecular and cell biology
- Oggetto:
Anno accademico 2014/2015
- Codice dell'attività didattica
- INT0719
- Docenti
- Prof. Francesca Valetti (Titolare del corso)
Prof. Raffaele Adolfo CALOGERO (Titolare del corso) - Corso di studi
- laurea spec. in biotecnologie molecolari ed Indirizzo Imaging
- Anno
- 2° anno
- Periodo didattico
- Primo semestre
- Tipologia
- A scelta dello studente
- Crediti/Valenza
- 6
- SSD dell'attività didattica
- BIO/10 - biochimica
BIO/11 - biologia molecolare - Modalità di erogazione
- Mista
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Facoltativa
- Tipologia d'esame
- Scritto ed orale
- Prerequisiti
- Biochimica, Biologia Molecolare e Genetica di base.
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Modulo biochimica:
La finalità del modulo di metodologie biochimiche consiste nel fornire agli studenti la conoscenza teorico-pratica delle più importanti metodologie di estrazione, purificazione, caratterizzazione strutturale e catalitica delle proteine, nonché delle più recenti tecniche applicative.
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Modulo di biochimica:
L’allievo dovrà essere in grado di orientarsi correttamente sulla scelta delle procedure da utilizzare (ed essere consapevole dei limiti delle stesse).
- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
Test scritto
domande chiuse o semistrutturate
- Oggetto:
Attività di supporto
laboratorio pratico per il modulo di biochimica: 16 ore
- Oggetto:
Programma
- PROGRAMMA MODULO BIOCHIMICA (Dr. Valetti)
- estrazione di molecole biologiche da tessuti e cellule, cromatografia, elettroforesi, spettroscopia applicata allo studio delle molecole biologiche
- purificazione di proteine ed enzimi mantenendo l’integrità strutturale e funzionale
- analisi e dosaggio di macromolecole biologiche, in particolare di proteine, e di piccole molecole di interesse biologico, in particolare coenzimi, substrati e prodotti di reazioni enzimatiche.
- laboratorio pratico: purificazione di una proteina di fusione e sua caratterizzazione base (16 ore)
The following techniques will be treated in the Methods in biochemistry module:
- Sample preparation for biochemical analysis, protein compatible buffers and detergents.
- Purification of intracellular and extracellular proteins.
- Protein solubility and precipitation techniques.
- Lambert-beer law and spectrophotometric assays for protein quantitation (Lowry, Bradford, Bicinchonic Acid ) and for enzyme activity.
- Chromatography: IEXC, gel filtration. HPLC, FPLC, gas-cromatography.
- Electrophoresis techniques for purity check. PAGE, IEF and 2D electrophoresis for proteomics.
- Protein blotting and decoration ( avidin-biotin, peroxidase, phosphatase): specific staining for glycoproteins.
- Spectroscopy for protein 2ary and 3ary structure studies (CD, fluorescence, NMR, EPR, AS, IR, Raman): application and basis of structural/functional data obtained.
- Electrochemical techniques: electrodes (pHmeter, reference electrode, Clark electrode). Nernst law and plot: spectroelectrochemical titration. Brief discussion on protein-electrode interactions.
- Lab practicals: Recombinant protein expression systems. purification of a GST-tag fusion protein, enzyme activity assay by spectrophotometric methods. SDS-PAGE, western blotting, protein quantitation and discussion on characterisation techniques by spectrophotometric advanced methods.
PROGRAMMA MODULO BIOLOGIA MOLECOLARE (Prof. Calogero)
Tecnologie di sequenziamento di seconda generazione.
Il modulo si focalizza sulla comprensione delle tecnologie di sequenziamento di seconda generazione.
Il corso coprirà gli aspetti sperimentali e computazionali del sequenziamento del DNA e del RNA.
Introduzione sulle tecnologie di sequenziamento:
- Illumina (HISeq, MiSeq), Roche (454), Life Technologies (Ion Torrent).
Preparazione dei campioni:
- miRNA-seq
- mRNA seq
- whole transcriptome sequencing
- directional sequencing
- enrichment protocols
- DNA exome
- DNA whole genome
Analisi dei dati
- Mapping
- Filtering
- Differential expression
- SNP calls
Esempi di applicazioni delle suddette tecnologie
Modulo biochimica: Lezioni teoriche 18 ore. Laboratorio purificazione proteine 16 ore.
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
Rob Reed, David Holmes, Jonathan Weyers, Allan Jones Metodologie di base per le scienze biomolecolari, Zanichelli (2002).
oppure
A.J. Ninfa, D.P. Ballou. Metodologie di base per la biochimica e la biotecnologia. Zanichelli (2000).
oppure
IC Wilson, J. Walker. Metodologia biochimica: le tecniche biochimiche in laboratorio. Ed. Raffaello Cortina (1995).
- Oggetto:
Note
Si prega di coontattare i docenti via e-mail agli indirizzi sotto indicati per ulteriori informazioni e dettagli e per segnalare l'interesse a frequentare il corso opzionale
raffaele.calogero@unito.it
francesca.valetti@unito.it
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