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C.I. TECNOLOGIE BIOCHIMICHE MOLECOLARI E CELLULARI

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techniques in biochemistry, molecular and cell biology

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Anno accademico 2014/2015

Codice dell'attività didattica
INT0719
Docenti
Prof. Francesca Valetti (Titolare del corso)
Prof. Raffaele Adolfo CALOGERO (Titolare del corso)
Corso di studi
laurea spec. in biotecnologie molecolari ed Indirizzo Imaging
Anno
2° anno
Periodo didattico
Primo semestre
Tipologia
A scelta dello studente
Crediti/Valenza
6
SSD dell'attività didattica
BIO/10 - biochimica
BIO/11 - biologia molecolare
Modalità di erogazione
Mista
Lingua di insegnamento
Italiano
Modalità di frequenza
Facoltativa
Tipologia d'esame
Scritto ed orale
Prerequisiti
Biochimica, Biologia Molecolare e Genetica di base.
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Sommario insegnamento

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Obiettivi formativi

Modulo biochimica:

La  finalità del modulo di metodologie biochimiche consiste nel fornire agli studenti la conoscenza teorico-pratica delle più importanti metodologie di estrazione, purificazione, caratterizzazione strutturale e catalitica delle proteine, nonché delle più recenti tecniche applicative.

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Risultati dell'apprendimento attesi

Modulo di biochimica:

L’allievo dovrà essere in grado di orientarsi correttamente sulla scelta delle procedure da utilizzare (ed essere consapevole dei limiti delle stesse).

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Modalità di verifica dell'apprendimento

Test scritto

domande chiuse o semistrutturate

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Attività di supporto

laboratorio pratico per il modulo di biochimica: 16 ore

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Programma

  • PROGRAMMA MODULO BIOCHIMICA (Dr. Valetti)
  • estrazione di molecole biologiche da tessuti e cellule, cromatografia, elettroforesi, spettroscopia applicata allo studio delle molecole biologiche
  • purificazione di  proteine ed enzimi mantenendo l’integrità strutturale e funzionale
  • analisi e dosaggio di macromolecole biologiche, in particolare di proteine, e di piccole molecole di interesse biologico, in particolare coenzimi, substrati e prodotti di reazioni enzimatiche.
  • laboratorio pratico: purificazione di una proteina di fusione e sua caratterizzazione base (16 ore)

The following techniques will be treated in the Methods in biochemistry module:

  • Sample preparation for biochemical analysis, protein compatible buffers and detergents.
  • Purification of intracellular and extracellular proteins.
  • Protein solubility and precipitation techniques.
  • Lambert-beer law and spectrophotometric assays for protein quantitation (Lowry, Bradford, Bicinchonic Acid ) and for enzyme activity.
  • Chromatography: IEXC, gel filtration. HPLC, FPLC, gas-cromatography.
  • Electrophoresis techniques for purity check. PAGE, IEF and 2D electrophoresis for proteomics.
  • Protein blotting and decoration ( avidin-biotin, peroxidase, phosphatase): specific staining for glycoproteins.
  • Spectroscopy for protein 2ary and 3ary structure studies (CD, fluorescence, NMR, EPR, AS, IR, Raman): application and basis of structural/functional data obtained.
  • Electrochemical techniques: electrodes (pHmeter, reference electrode, Clark electrode). Nernst law and plot: spectroelectrochemical titration. Brief discussion on protein-electrode interactions.
  • Lab practicals: Recombinant protein expression systems. purification of a GST-tag fusion protein, enzyme activity assay by spectrophotometric methods. SDS-PAGE, western blotting, protein quantitation and discussion on characterisation techniques by spectrophotometric advanced methods.

PROGRAMMA MODULO BIOLOGIA MOLECOLARE (Prof. Calogero)

Tecnologie di sequenziamento di seconda generazione.

Il modulo si focalizza sulla comprensione delle tecnologie di sequenziamento di seconda generazione.

Il corso coprirà gli aspetti sperimentali e computazionali del sequenziamento del DNA e del RNA.

 

Introduzione sulle tecnologie di sequenziamento:

  • Illumina (HISeq, MiSeq), Roche (454), Life Technologies (Ion Torrent).

 

Preparazione dei campioni:

  • miRNA-seq
  • mRNA seq
  • whole transcriptome sequencing
  • directional sequencing
  • enrichment protocols
  • DNA exome
  • DNA whole genome

 

Analisi dei dati

  • Mapping
  • Filtering
  • Differential expression
  • SNP calls

 

Esempi di applicazioni delle suddette tecnologie

Modulo biochimica: Lezioni teoriche 18 ore. Laboratorio purificazione proteine 16 ore.

Testi consigliati e bibliografia

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Rob Reed, David Holmes, Jonathan Weyers, Allan Jones Metodologie di base per le scienze biomolecolari, Zanichelli (2002).

oppure

A.J. Ninfa, D.P. Ballou. Metodologie di base per la biochimica e la biotecnologia. Zanichelli (2000).

oppure

IC Wilson, J. Walker. Metodologia biochimica: le tecniche biochimiche in laboratorio. Ed. Raffaello Cortina (1995).



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Note

 

Si prega di coontattare i docenti via e-mail agli indirizzi sotto indicati per ulteriori informazioni e dettagli e per segnalare l'interesse a frequentare il corso opzionale

raffaele.calogero@unito.it

francesca.valetti@unito.it

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Ultimo aggiornamento: 17/04/2015 08:33
Location: https://biotec.campusnet.unito.it/robots.html
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