- Oggetto:
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PROTEOMICS, METABOLOMICS AND INTERACTOMICS
- Oggetto:
PROTEOMICS, METABOLOMICS AND INTERACTOMICS
- Oggetto:
Anno accademico 2024/2025
- Codice attività didattica
- BIO0200
- Docenti
- Paola Defilippi (Titolare del corso)
Ugo Ala (Titolare del corso)
Eliana Gianolio (Titolare del corso) - Corso di studio
- Laurea Triennale in Biotecnologie
- Anno
- 3° anno
- Periodo
- Primo semestre
- Tipologia
- A scelta dello studente
- Crediti/Valenza
- 6
- SSD attività didattica
- BIO/13 - biologia applicata
CHIM/03 - chimica generale e inorganica - Erogazione
- Mista
- Lingua
- Inglese
- Frequenza
- Obbligatoria
- Tipologia esame
- Orale
- Tipologia unità didattica
- corso
- Propedeutico a
- non propedeutico
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Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
The course aims to provide the theoretical foundations of proteomics, interactomics, and matabolomics as relevant scientific disciplines that can provide useful structural and dynamic information related to the proteome and metabolome, thus allowing to shed light on the biological complexity of a tissue for the purpose of differentiating/identifying a pathological state from a physiological one. The basic theoretical knowledge, the chemical and physical principles on which they are based, the theoretical and practical aspects of the experimental methods used (electrophoresis, mass spectrometry, NMR), and the latest application developments will be provided in the course.
Il corso intende fornire le basi teoriche della proteomica, dell’interattomica e della matabolomica quali discipline scientifiche rilevanti capaci di fornire utili informazioni strutturali e dinamiche riguardo al proteoma e al metaboloma, consentendo pertanto di poter far luce sulla complessità biologica di un tessuto allo scopo di differenziare/identificare uno stato patologico da quello fisiologico. Nel corso saranno fornite le cognizioni teoriche di base, i principi chimico-fisici su cui si basano, gli aspetti teorici e pratici delle metodiche sperimentali utilizzate (Elettroforesi, Spettrometria di Massa, NMR)e gli sviluppi applicativi più recenti
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Risultati dell'apprendimento attesi
By the end of the Course, the student should acquire a thorough knowledge of the topics covered in the syllabus.
Alla fine del Corso lo studente dovrà acquisire una conoscenza approfondita delle tematiche trattate nel programma di studio.
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Programma
Introduction to proteomics
- Mass spectrometry
1. Sample preparation, protein extraction, quantification
2. Applications
3. Examples
- Two-dimensional electrophoresis: theory, sample preparation and methods
1. Sample preparation, protein extraction, quantification
2. electrophoretic run characteristics and data analysis
3. Applications
4. Examples
- Native mass spectrometry
1. Characteristics of native mass spectrometry
2. Applications
3. Examples
- Approaches in quantitative and functional proteomics
High Throughput Quantitative Proteomics
1. SILAC
2. SILAM
- Interactomics
1. Definition
2. Examples of biological networks
3. Application of interactomics to functional characterization
4. Application of Interactomics to disease gene prediction
5. Application of Interactomics to drug repurposing
- Post-translational modifications (PTMs): types, enrichment methods and characterization techniques (NMR)
- Metabolomics
Introduzione alla proteomica
- Spettrometria di massa
1. Preparazione del campione, estrazione proteine, quantificazione
2. Applicazioni
3. Esempi
- Elettroforesi bidimensionale: teoria, preparazione del campione e metodi
1. Preparazione del campione, estrazione proteine, quantificazione
2. caratteristiche della corsa elettroforetica ed analisi dei dati
3. Applicazioni
4. Esempi
- Native mass spectrometry
1. Caratteristiche della native mass spectrometry
2. Applicazioni
3. Esempi
- Approcci nella proteomica quantitativa e funzionale
High Throughput Quantitative Proteomics
1. SILAC
2. SILAM
- Interattomica
1. Definizione
2. Esempi di networks biologici
3. Applicazione dell'Interattomica alla caratterizzazione funzionale
4. Applicazione dell'Interattomica alla disease gene prediction
5. Applicazione dell'Interattomica al drug repurposing
- Modificazioni post-trasduzionali (PTM): tipologie, metodi di arricchimento e tecniche di caratterizzazione (NMR)
- Metabolomica
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Modalità di insegnamento
Lectures and Seminars on specific Course topics with in-person delivery, also covered in the form of Flipped Classroom Activities. If required, live webex times will be scheduled with students for clarification/questions on lectures.
Lezioni e Seminari su argomenti specifici del Corso con erogazione in presenza, trattati anche sotto forma di Flipped Classroom Activities. Se richiesti saranno programmati dei momenti in diretta webex con gli studenti per chiarimenti/domande sulle lezioni.
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Modalità di verifica dell'apprendimento
Preparation and discussion of a presentation on a specific topic of the student's choice given during the lectures. Oral examination on the set of topics covered in the Course.
Preparazione e discussione di una presentazione su un argomento specifico a scelta dello studente svolto durante le lezioni. Esame orale sull’insieme degli argomenti trattati nel Corso.
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Attività di supporto
Seminars and work in groups
Seminari e lavoro a gruppi
Testi consigliati e bibliografia
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Moduli didattici
- Proteomics, Metabolomics and Interactomics A (BIO0200A)
- Proteomics, Metabolomics and Interactomics B (BIO0200B)
- Registrazione
- Aperta
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