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Oggetto:
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BIOCHEMICAL, MOLECULAR AND CELLULAR TECHNOLOGIES

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BIOCHEMICAL, MOLECULAR AND CELLULAR TECHNOLOGIES

Oggetto:

Anno accademico 2022/2023

Codice attività didattica
BIO0201
Docenti
Valentina Monica (Titolare del corso)
Ymera Pignochino (Titolare del corso)
Corso di studio
Laurea Triennale in Biotecnologie
Anno
3° anno
Periodo
Primo semestre
Tipologia
A scelta dello studente
Crediti/Valenza
6
SSD attività didattica
BIO/10 - biochimica
BIO/11 - biologia molecolare
Erogazione
Tradizionale
Lingua
Inglese
Frequenza
Obbligatoria
Tipologia esame
Scritto
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Sommario insegnamento

Oggetto:

Obiettivi formativi

Modulo di Biochimica e Tecnologie Cellulari/ Biochemistry and Cellular Technology Module - BIO0201A

  1. Il modulo si presenta come interfaccia tra le conoscenze teoriche acquisite durante i corsi di biochimica, biologia molecolare e genetica e il riscontro pratico-tecnologico di laboratorio.

L'obiettivo dell’insegnamento è duplice:

  • fornire conoscenze teorico-pratiche delle principali metodologie utilizzate in ambito biomolecolare e cellulare;
  • permettere allo studente di entrare in un classico flusso di lavoro progettuale, includendo il disegno sperimentale, la scelta dell’approccio tecnico/metodologico da applicare e la risoluzione di problemi.

The module acts as an interface among theorical knowledge obtained during biochemistry, molecular biology and genetics courses and laboratory technological approach.

The aim of this module is summarized in two main purposes:

  • to provide practical approaches of the basic and most widespread used methodologies in biomolecular and cellular fields;
  • to allow students to face with typical project workflow, including experimental design, technical method choice and problem solving.

 

Molecular Biology Module:

The purpose of the Molecular Biology Module is to give students the theoretical and practical knowledge of the most important methods in DNA/RNA sequencing and bioinformatics data analysis

 

Oggetto:

Risultati dell'apprendimento attesi

Modulo di Biochimica e Tecnologie Cellulari/ Biochemistry and Cellular Technology Module - BIO0201A

Al termine dell'insegnamento, gli Studenti dovranno dimostrare di aver compreso le basi teoriche su cui si fondano i principi delle metodologie sperimentali affrontate durante le lezioni frontali e le esercitazioni. Inoltre, dovranno dimostrare di aver sviluppato capacità critica in un contesto sperimentale e saper scegliere in modo adeguato l’approccio metodologico necessario alla soluzione di specifici quesiti biologici.

At the end of the course, students will need to demonstrate the comprehension of theoretical notions of the experimental methods analyzed during the lessons and the practical sessions. Moreover, they will need to demonstrate critical capabilities assessing an experimental setting and choosing the technologies necessary to address specific biological questions and reach the aims.

 

Oggetto:

Programma

    • Modulo di Biochimica e Tecnologie Cellulari/ Biochemistry and Cellular Technology Module - BIO0201A

      • Tecniche di sterilità nella manipolazione di colture cellulari.
      • Le colture cellulari: propagazione di colture cellulari in condizioni 2D e 3D.
      • Espressione di proteine d'interesse in batteri e in cellule eucariote: tecniche di trasfezione.
      • Vettori di clonaggio plasmidici, vettori virali
      • Analisi di localizzazione delle proteine cellulari:
        •  
      • Saggi funzionali nella biologia cellulare:
        • Saggi di proliferazione
        • Saggi di migrazione
        • Saggi di invasione
      • Tumorigenesi in vitro e in vivo
      • Tecniche per l'analisi delle proteine:
        • Elettroforesi (SDS-PAGE) e Western blotting.
      • Tecniche microscopiche:
        • Microscopia a fluorescenza.
        • Microscopia confocale.
      • Pratica di laboratorio: 8-10 ore di insegnamento pratico. Gli argomenti della sessione pratica saranno definiti durante il corso.

      Biochemistry and Cellular Technology Module

      The following techniques will be treated in the module:

      • Sterility conditions in cell culture manipulation.
      • Cell cultures: processing and propagation in 2D and 3D seeding conditions.
      • Expression of proteins of interest in bacteria and in eukaryotic cells: transfection technologies.
      • Cloning plasmids and Viral vectors
      • Localization analysis of cellular proteins:
        • Immunofluorescence.
      • Functional assays in cellular biology:
        • Proliferation assays.
        • Migration assays.
        • Invasion assays.
      • In vitro and in vivo tumorigenicity assays.
      • Protein analysis techniques:
        • Electrophoresis (SDS-PAGE) and Western blotting.
      • Microscopy techniques
        • Fluorescence microscopy.
        • Confocal microscopy.
      • Lab practicals: 8-10 hours of pratical teaching. Issues to define during the course.

       

 

Molecular Biology Module

The Molecular Biology Module will focus on second and third generation DNA sequencing technologies.
The module focuses on experimental and computational aspects of DNA/RNA sequencing.
Introduction to sequencing technologies:

  • Illumina (HISeq, MiSeq), Roche (454), Life Technologies (Ion Torrent).

Sample preparation:

  • miRNA-seq
  • mRNA seq
  • whole transcriptome sequencing
  • directional sequencing
  • enrichment protocols
  • DNA exome
  • DNA whole genome

Bioinformatics analysis approaches

  • Mapping
  • Filtering
  • Differential expression
  • Single cell data analysis

Examples of the above mentioned technologies and analytical methods
Molecular Biology Module: theoretical lessons 8 hours, data analysis 16 hours

 

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Modalità di insegnamento

Modulo di Biochimica e Tecnologie Cellulari/ Biochemistry and Cellular Technology Module - BIO0201A

[MODALITÀ DI INSEGNAMENTO]

Il modulo comprende 24 ore di attività, articolate in due sessioni:

 

  • Una prima sessione di lezioni frontali (14-16 ore) volte all’acquisizione delle nozioni teoriche alla base e delle principali metodologie sperimentali inerenti l’oggetto del modulo.

 

  • Una seconda sessione di pratica di laboratorio (8-10 ore) avente lo scopo di inserire lo studente in un contesto sperimentale pratico. Tale sessione sarà svolta in presenza o, in alternativa, mediante video in diretta/registrati, in base alle linee guida legate all’emergenza sanitaria COVID-19 attualmente in corso.

[COURSE DELIVERY]

The module includes 24 hours of activity, structured in two sessions:

 

  • The first session will be carried out in form of frontal lessons (14-16 hours) leading to the acquisition of both theoretical basis and experimental methodologies related to the module subject.

 

  • The second session will include laboratory activity (8-10 hours), aiming to introduce the student within a practical experimental setting. This session will be performed in presence or, as alternative, through live streaming/recorded videos, depending on the ongoing guidelines about COVID-19 emergency.

N.B. To access to lessons and other materialyou must regsiter to the Moodle of the course:

https://biotec.i-learn.unito.it/course/view.php?id=760

Oggetto:

Modalità di verifica dell'apprendimento

Modulo di Biochimica e Tecnologie Cellulari/ Biochemistry and Cellular Technology Module - BIO0201A

La valutazione dell’insegnamento verrà eseguita mediante prova scritta. Ogni modulo (BIO0201A, BIO0201B) avrà un suo esame specifico. Sarà possibile affrontare gli esami dei singoli moduli anche in appelli diversi. A completamento degli esami dei singoli moduli, il voto finale dell’insegnamento sarà ponderato sulla base dei risultati degli esami dei singoli moduli.

Sarà possibile congelare il voto di un singolo modulo, in attesa del superamento del secondo modulo, solo fino al termine degli appelli previsti per l’anno accademico in corso. Il mancato superamento di uno dei due moduli entro i termini sopra descritti, porterà all’annullamento del modulo già superato.

 

Per il Modulo di Biochimica e Tecnologie Cellulari (BIO0201A), la prova prevede domande a risposta multipla e domande a risposta aperta, che racchiudano i concetti teorici sviluppati a lezione e simulazioni di procedure progettuali/ applicative per la risoluzione di quesiti sperimentali, approfonditi nella sessione pratica.

Il voto del modulo sarà espresso in trentesimi.

The course final exam will be verified through a written test. Each module (BIO0201A, BIO0201B) will be evaluated separately. It will be possible to take the exams of the individual modules also in different sessions. Upon completion of the exams of the individual modules, the final grade of the teaching will be weighted on the basis of the results of the exams of the individual modules.

It will be possible to freeze the grade of a single module, pending the passing of the second module, only within the range of sessions scheduled for the current academic year. Failure to pass one of the two modules within the terms described above will lead to the cancellation of the module already passed.

 

The exam of the Biochemistry and Cellular Technology Module includes both multiple choice and open-ended questions, comprising theoretical concepts addressed in class and simulation of project procedures/ technological applications to solve experimental questions, encountered during the practical session.

The module score will be given in thirtieths.

Oggetto:

Attività di supporto

Biochemistry and Molecular Biology Module:

Practical laboratory for the biochemistry method: 8 hours

Practical Next Generation Sequencing Data Analysis: 16 hours

Testi consigliati e bibliografia



Oggetto:
Libro
Titolo:  
Tecniche e metodi per la biologia molecolare
Anno pubblicazione:  
2020
Editore:  
Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli
Autore:  
Francesco Amaldi, Piero Benedetti, Graziano Pesole, Paolo Plevani
ISBN  
Obbligatorio:  
No


Oggetto:
Libro
Titolo:  
Metodologie biochimiche e biomolecolari
Anno pubblicazione:  
2019
Editore:  
Strumenti e tecniche per il laboratorio del nuovo millennio. Distribuzione Zanichelli
Autore:  
Mauro Maccarone
ISBN  
Obbligatorio:  
No


Oggetto:
Libro
Titolo:  
Wilson and Walker's Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology
Anno pubblicazione:  
2018
Editore:  
Andreas Hofmann, Samuel Clokie
Autore:  
Andreas Hofmann, Samuel Clokie
Obbligatorio:  
No
Oggetto:

Biochemistry

Rob Reed, David Holmes, Jonathan Weyers, Allan Jones Metodologie di base per le scienze biomolecolari, Zanichelli (2002).

or

A.J. Ninfa, D.P. Ballou. Metodologie di base per la biochimica e la biotecnologia. Zanichelli (2000).

or

IC Wilson, J. Walker. Metodologia biochimica: le tecniche biochimiche in laboratorio. Ed. Raffaello Cortina (1995).

 

Molecular Biology Module:

RNA-seq Data Analysis: A Practical Approach
Autore: Eija Korpelainen, Jarno Tuimala, Panu Somervuo, Mikael Huss, Garry WongEdizione: 1st Edition
Casa editrice: Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology
ISBN: 9781466595002
Url: https://www.crcpress.com/RNA-seq-Data-Analysis-A-Practical-Approach/Korpelainen-Tuimala-Somervuo-Huss-Wong/p/book/9781466595002

 



Oggetto:

Note

Additional material will be provided during the course

Oggetto:

Moduli didattici

Oggetto:

Orario lezioniV

Lezioni: dal 06/10/2022 al 23/12/2022

Nota: Lezioni: dal 06/10/2022 al 23/12/2022

Nota: Module Dr. Monica:

Lessons
6 october 2022 16-18 aula Eraclito, via Nizza 52
7 october 2022 14-16 aula Eraclito, via Nizza 52
13 october 2022 16-18 aula Eraclito, via Nizza 52
20 october 2022 16-18 aula Eraclito, via Nizza 52
27 october 2022 16-18 aula Eraclito, via Nizza 52
3 november 2022 16-18 aula Eraclito, via Nizza 52
17 november 2022 16-18 aula Eraclito, via Nizza 52
24 november 2022 16-18 aula Eraclito, via Nizza 52
01 december 2022 16-18 aula Eraclito, via Nizza 52
15 december 2022 16-18 aula Eraclito, via Nizza 52
22 december 2022 14-16 aula Eraclito, via Nizza 52
23 december 2022 14-16 aula Eraclito, via Nizza 52

Practical sessions will be defined during the course.

Additional informations will be updated

Registrazione
  • Aperta
    Apertura registrazione
    26/09/2022 alle ore 09:00
    Chiusura registrazione
    13/10/2022 alle ore 09:00
    N° massimo di studenti
    24 (Raggiunto questo numero di studenti registrati non sarà più possibile registrarsi a questo insegnamento!)
    Oggetto:
    Ultimo aggiornamento: 05/10/2022 18:43
    Non cliccare qui!