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Oggetto:
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C.I. Di Genomica ed Epigenomica - Genomica ed Epigenomica Computazionale

Oggetto:

Genomics and Epigenomics: Computational Genomics and Epigenomics

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Anno accademico 2015/2016

Codice dell'attività didattica
BIO0005
Docente
Prof. Paolo PROVERO (Titolare del corso)
Corso di studi
Laurea Magistrale in Biotecnologie Molecolari
Anno
1° anno
Tipologia
Caratterizzante
Crediti/Valenza
5
SSD dell'attività didattica
INF/01 - informatica
Modalità di erogazione
Tradizionale
Lingua di insegnamento
Inglese
Modalità di frequenza
Obbligatoria
Tipologia d'esame
Scritto ed orale
Prerequisiti
0
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Sommario insegnamento

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Obiettivi formativi

Il modulo si propone di dotare gli studenti dei concetti e  strumenti principali per l'analisi computazionale di dati concernenti l'espressione genica e la sua regolazione trascrizionale.

 

The aim of the course is to provide the students with the main concepts and tools used in the computational analysis of gene expression and its transcriptional regulation

Oggetto:

Risultati dell'apprendimento attesi

Gli studenti saranno in grado di

- comprendere le problematiche affrontate e le metodologie usate nello studio di dati di espressione e regolazione genica su scala genomica, anche attraverso la lettura critica di lavori tratti dalla letteratura primaria

- analizzare dati di espressione genica per ricavare liste di geni differenzialmente espressi

- analizzare dati di ChIP-seq relativi a siti di legame di fattori di trascrizione  o modificazioni epigenetiche del DNA

- analizzare liste di geni ottenute con i metodi descritti sopra dal punto di vista dell'arricchimento funzionale

The students will be able to

- understand the problems tackled and the methods used in analyzinggene expression and regulation data on a genomic scale, also through the critical reading of articles selected from the primary literature

- analyze gene expression data to obtain lists of differentially expressed genes

- analyze ChIP-seq data for transcription factor binding sites or epigenetic modifications of DNA

-analyze the functional enrichment of gene lists obtained with the methods described above

 

Oggetto:

Modalità di verifica dell'apprendimento

Esame scritto e presentazione orale di un lavoro di letteratura

Written test and oral presentation of an article from the literature

0

Oggetto:

Attività di supporto

Esercitazioni di analisi dati in aula informatica

Data analysis exercises in computer room

Oggetto:

Programma

1. Analisi di dati di espressione genica:

- class comparison

- class discovery

- arricchimento funzionale di liste di geni

- classificazione molecolare delle patologie

2. Analisi di dati di regolazione genica

- analisi di dati di ChIP-seq

- evoluzione e variazione della regolazione genica

- evoluzione e variazione dell'espressione genica

 

1. Analysis of gene expression data

- class comparison

- class discovery

- functional enrichment of gene lists

- molecular classification of pathologies

2. Analysis of gene regulation data

- analysis of ChIP-seq data

- evolution and variation of gene regulation

- evolution and variation of gene expression

Testi consigliati e bibliografia

Oggetto:

Slides del docente e articoli selezionati per la lattura critica, tra cui:

Schmidt, D., Schwalie, P. C., Wilson, M. D., Ballester, B., Gonçalves, A., Kutter, C., … Odom, D. T. (2012). Waves of retrotransposon expansion remodel genome organization and CTCF binding in multiple mammalian lineages. Cell, 148(1-2), 335–48. doi:10.1016/j.cell.2011.11.058

Lappalainen, T., Sammeth, M., Friedländer, M. R., ’t Hoen, P. a C., Monlong, J., Rivas, M. a, … Dermitzakis, E. T. (2013). Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans. Nature, 501(7468), 506–11. doi:10.1038/nature12531

Brawand, D., Soumillon, M., Necsulea, A., Julien, P., Csárdi, G., Harrigan, P., … Kaessmann, H. (2011). The evolution of gene expression levels in mammalian organs. Nature, 478(7369), 343–348. doi:10.1038/nature10532

Heinz, S., Romanoski, C. E., Benner, C., Allison, K. A., Kaikkonen, M. U., Orozco, L. D., & Glass, C. K. (2013). Effect of natural genetic variation on enhancer selection and function. Nature. doi:10.1038/nature12615

Slides and selected articles including:

Schmidt, D., Schwalie, P. C., Wilson, M. D., Ballester, B., Gonçalves, A., Kutter, C., … Odom, D. T. (2012). Waves of retrotransposon expansion remodel genome organization and CTCF binding in multiple mammalian lineages. Cell, 148(1-2), 335–48. doi:10.1016/j.cell.2011.11.058

Lappalainen, T., Sammeth, M., Friedländer, M. R., ’t Hoen, P. a C., Monlong, J., Rivas, M. a, … Dermitzakis, E. T. (2013). Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans. Nature, 501(7468), 506–11. doi:10.1038/nature12531

Brawand, D., Soumillon, M., Necsulea, A., Julien, P., Csárdi, G., Harrigan, P., … Kaessmann, H. (2011). The evolution of gene expression levels in mammalian organs. Nature, 478(7369), 343–348. doi:10.1038/nature10532

Heinz, S., Romanoski, C. E., Benner, C., Allison, K. A., Kaikkonen, M. U., Orozco, L. D., & Glass, C. K. (2013). Effect of natural genetic variation on enhancer selection and function. Nature. doi:10.1038/nature12615

 

 

 

 

 



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Ultimo aggiornamento: 23/12/2015 09:57
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